经常听到有人为部分与整体的关系而争论不休：究竟蜜蜂个体还是蚂蚁巢群才算有机体？寄生在我们体内、与我们形成共生互惠关系的大肠杆菌、乳酸菌等，算不算我们身体的一部分？线粒体到底算寄生物还是细胞器？思考这些问题不是毫无用处，但为它争到面红耳赤就可笑了，只有本质主义者才会为“XX到底是不是YY”之类的问题而焦虑，而我是反本质主义的。
在部分整体关系问题上，本质主义表现为原子主义[1]，意思是：只有原子——一种不可分割的实体——是真实存在的，其它一切所谓的“存在物”都“只不过”是原子们的组合与运动所造成的“虚假幻象”而已：波浪不过是水分子在运动而已；云不过是一团水分子而已；钞票不过是一张纸而已；公司没有头脑，不可能做决定，只有个人才能做决定；没有社会，只有一个个的人；不一而足。
在原子主义者眼里，随着物理学的不断进步，世界在一步步变得更虚幻，曾经以为水分子、空气分子、铁分子都是真实的原子，而颜色、重量、坚硬、弹性都是它们不可分离的“本质”属性，后来发现根本“没有”什么水分子，只有各种原子，接着又发现其实原子也没有，只有质子、中子和电子，然后，这些也没了……，可实际上，世界还是那个世界。
这些说法的荒唐是一眼便知的，许多人有意无意失足于此，是因为他们缺乏一个观察世界的更好视角，比如我称之为“认识论上的多层次结构主义”[2]的视角，意思是：意义并非来自经验事实，而是观察者赋予它的，所以只要他乐意并觉得方便，可以将意义赋予任何层次上的现象，在这一层次上将经验事实组织为一个结构，给它取个名字，将其视为具有某种连贯性和可识别边界的“实体”。
比如，将蚂蚁巢群视为有机体（[[organism]]），将提示我们把它与其它已被我们视为有机体的动物个体做类比，由此作出启发性的观察、理解和推断：蚁后如何执行卵巢那样的功能，营养性卵又如何像脂肪颗粒那样存储营养，兵蚁如何像巨噬细胞那样工作，等等，这些都是从一般对种群的观察中无法获得的理解；同时，我们也无须为巢群获得了有机体的“本质”而轻易相信它会具有其它有机体的特性。
再如，道金斯所表述的自私基因理论为理解生物进化提供了很好的视角[3]，将有机体视为基因们合作建造用来复制和传播其自身的载具（vehicle），可以帮助我们理解各种组织、器官、功能和行为的遗传价值，并用统一的内含适应性解释来代替原先的自然选择、性选择、亲缘选择等相互独立的多种解释。
但仅有这一视角是不够的，一旦开始建造有机体，就面临各种结构工程问题：哪种肢体结构运动效率高？力量和体重负担如何权衡？散热问题如何解决？哪种对称结构更适合捕猎、潜伏或逃避？如何保证各组织和子系统之间的兼容性？发育机制上面临哪些障碍？
这些问题，只有放在有机体层面的结构工程学视角下，用另一套理论和模型来分析，才能得到更好的考察和研究，从分子层面根本无法着手；正是从这一视角，发展出了生物力学（[[Biomechanics]]）、形态学（[[morphology]]）和胚胎学（[[embryology]]）等学科[4]。
进而，在种群和生态系统水平上，也可以获得有益的视角，种群动力学（[[population dynamics]]）揭示了种群最优规模与密度、捕食/被捕食者数量动态、迁徙模式等在宏观规律，生态学（[[ecology]]）则关注诸如大陆、岛屿和湖泊的多物种多种群系统的组成和动态规律。
经济学分析也有类似的三个层次，微观经济学研究基于成本收益分析的个体选择，类似于基因的遗传收益分析，而对于产业经济学来说，企业和商业模式是个人为实现私人收益而建造的“载具”，就像基因所建造的有机体，宏观经济学则类似于种群动力学，研究各宏观变量的动态规律；有些经济学家出于对宏观经济学过去的不佳表现，干脆否认宏观现象的意义，这是原子主义的一种表现。
人类学和社会学领域的情况则更加混乱和对立，结构主义与个人主义者势不两立、形同水火，前者拒绝个人和基因层面的经济学和进化分析，后者拒绝文化层面上的功能主义和符号学分析；实际上，这种对立毫无必要，它极大妨碍了几大学科之间的成果分享，也限制了各自视角下的分析和解释能力，作为认识论上的多层次结构主义者的好处便是，我可以轻松接受不同层次的视角，它们原本就不是互斥的。
这种不必要的排斥和对立在社会科学领域表现的尤其突出，那是因为许多人混淆了认识论实体与价值主体，从而让自己的价值观妨碍了对有用的层次与结构的把握，比如有些人坚持方法论个人主义，只是因为他持有个人主义价值观，或者相反，因为他持有集体主义价值观，就在方法论上坚持结构主义，而实际上，方法论与价值观之间并没有也不需要依赖关系，我是个人主义者，坚持认为个人不应为集体而牺牲自己的利益，但不必因此而否认集体的存在，组织、企业、民族、社群、亚文化，这些都是研究社会有用的概念。
层次化结构实际上体现了我们认知能力的发展梯度，每一层的基本概念和定律使得该层次上的观察成为可能，而从观察中所获得的洞见将为上一个层次建立新的概念；比如，我要看懂一场球赛，必须首先接受球队、进球、犯规、裁判这些概念，否则我“看到”的就是一群人发了疯似的在抢一个圆球，而只有接受了球队、比赛、得分这些概念之后，才能进而形成赛制、轮次、主客场、积分、名次等更高层次的概念，才看得懂一份赛程和积分表，也才可能对主教练的赛季战略调度和状态调整有所理解和评论。
另一个方向也是如此，要对球员表现作出观察和评论，必须先确立头球、传球、射门、助攻、跑位、过人等等概念，否则你看到的只是一个疯子在草地上撒野，而为了形成这些技术概念，必须先确立若干关于肢体部位和球场区域的基础概念，比如要理解头球必须先接受人体有个部位叫“头”；这看上去好像是当然无疑的，但那只是因为我们作为观察者恰好与观察对象同属人类这一物种，对人体部位这类熟见而又处于中观尺度[5]上的对象，我们的概念在生活史早期甚至先天便已经确立。
假如我们是寄生于球员皮肤上的螨虫，要接受头、手、脚这些概念就困难的多，而要理解球员的技术动作、理解一场比赛、进而理解赛程安排，就需要像科学家那样作出大量的概念和理论建构，以及基于它们而进行的非日常观察，其中许多难免会显得非常抽象和反直觉。
科学研究的过程，便是从中观尺度出发，向上和向下探索世界，通过一层叠一层的概念体系和基于这些概念的观察手段，将我们的认知能力从本能所加诸我们的中观尺度局限中扩展开去，从而获得对世界更好的理解。
[1]原子主义（[[atomism]]）一词至少有两种用法，一种是指物理学上的原子主义，而我这里指的是哲学上的原子主义，也被称为组成虚无主义（[[mereological nihilism]]或[[compositional nihilism]]）。
[2]结构主义（[[structuralism]]）一词的用法同样很混杂，我的用法在看待部分整体关系上比较接近 生物学上的结构主义 ，比如布莱恩·戈德温（[[Brian Goodwin]]）的思想，而完全不同于文化和社会学上的结构主义。
[3]自私基因理论（[[selfish gene theory]]）也叫基因中心视角（[[gene-centered view]]），由理查德·道金斯对威廉·汉密尔顿和约翰·梅纳德·史密斯等人在70年代提出的以内含适应性（[[inclusive fitness]]）为核心的进化生物学新理论的通俗阐述。
[4]从进化史的角度对这些主题的研究构成了进化发育生物学（[[evo-devo]]）这一学科。
[5]中观尺度（middle-size）是哲学家维拉德·奎因（[[Willard Quine]]）所提出的概念，指人类认知本能上的特点，使我们观察世界时，总是首先识别那些（以我们身体或视野来衡量）大小适中的对象，丹尼尔·丹内特在《达尔文的危险观念》第一部分中详细阐明了这一思想。